Environ 20 ans après les événements relatés dans Deus Ex, le Monde commence à peine à se remettre d’une dépression mondiale catastrophique. Au cours de cette période chaotique de rétablissement, plusieurs factions religieuses et politiques voient une occasion de refondre un gouvernement mondial conforme à leurs intentions, comprenant que les bonnes manoeuvres pourraient désormais déterminer la forme de société humaine pour des décennies voir des siècles à venir. Dans ce cauchemar technocratique, participez à la lutte mystérieuse pour que le monde renaisse de ses propres cendres.